新生儿感染性肺炎的病因大致可分为三种:细菌、病毒、衣原体等。这些病原体的侵入时间也有所不同,可以在婴儿在子宫中、宝宝出生时以及出生后进入婴儿体内。在出生前,病原体可能通过胎盘进入到胎儿的血液循环中,从而进入到肺部引起感染,主要以病毒为主,而胎儿则可能通过羊水进入感染,以革兰阴性杆菌如大肠杆菌为主。宝宝在出生时可能通过吸入污染的产道分泌物或者断脐的不洁物质进入到血液循环中而引起血行感染。在出生后,病原体可以通过上呼吸道下行直接感染肺部,也可以通过血液循环引起肺部感染,以革兰阳性球菌为主,如金黄色葡萄球菌、链球菌、肺炎链球菌等。