北宋初期便岁遣中使诣边州市马，以茶马互市方式向少数民族统治的牧区收购战马。（)

，马某的行为已经构成挪用资金罪，依法应予以逮捕，于是派本案侦查员将马某逮捕。同年7月，该案侦查终结，A市人民检察院以挪用资金罪向A市中级人民法院提起公诉。1997年8月，A市中级人民法院开庭审理此案。辩护律师在庭审时申请传唤某单位的知情人员出庭作证。合议庭同意申请，决定中止审理，并传唤证人到庭作证。证人到庭作证时，公诉人在质证中发现，马某还有以虚报差旅费的方式贪污公款的行为，而且已经构成犯罪，随即当庭指控马某另犯有贪污罪。辩护人以公诉人增加了控诉为理由，请求延期审理。合议庭接受辩护人的要求，决定延期审理。

经过重新开庭对检察院所指控的挪用公款罪和贪污罪进行审理后，合议庭认为，指控马某挪用公款罪证据不充分，因而不能定罪。但是担心对此不予认定，检察院可能提出抗诉，为此合议庭将案件直接提交审判委员会讨论。审判委员会讨论后决定，揶用公款罪证据不足、不能成立，但贪污行为事实清楚、证据充分确实，应认定构成犯罪。合议庭根据此决定作出判决:判处马某犯贪污罪，处5年有期徒刑;关于挪用公款罪则作出了证据不足、指控罪名不能成立的无罪判决。宣判后，马某提起上诉，后来又在上诉期满后要求微回上诉。A市人民检察院对该一审判决未提出抗诉。二审法院审查马某撒回上诉的要求后认为，原判决正确无误，因此作出准许撒回上诉的决定书。

1998年3月，A市人民检察院又发现了马某挪用公款罪的新证据，并据此证据，按照审判监督程序向法院提出抗诉。法院对抗诉进行审查后，作出了再审决定。经过再审审判后，法院认为，马某犯有搏用公款罪，并处以相应刑罚，并将此刑期与原判决贪污罪之刑期按数罪并罚原则依法合并，决定了执行的刑期。

问题:本案中，检察机关、一审法院、二审法院以及再审法院哪些方面的做法违反了诉讼程序？为什么？

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